Licence et maîtrise d’histoire de l’Art – Faculté des Lettres de Lyon.
Au Théâtre Éclaté, collectif créé à Annecy en 1971 Alain Françon a monté, entre autres, Marivaux et Sade, Ibsen et Strindberg, O’Neill (Long voyage vers la nuit, dont il a monté à la Comédie Française une nouvelle version traduite par Françoise Morvan (Le Long voyage du jour à la nuit), Horváth et Brecht. Il a créé de nombreux auteurs contemporains, de Michel Vinaver (Les Travaux et les jours, Les Voisins) à Enzo Cormann (Noises, Palais Mascotte) et Marie Redonnet (Tir et Lir, qui a été présenté à la Colline en 1988, Mobie Diq). Il a également adapté pour la scène des textes d’Herculine Barbin (Mes souvenirs) et de William Faulkner (Je songe au vieux soleil).
En 1989, Alain Françon prend la direction du Centre dramatique national de Lyon - Théâtre du Huitième. Il y monte notamment La Dame de chez Maxim, Hedda Gabler, Britannicus. De 1992 à 1996, il est directeur du Centre dramatique national de Savoie (Annecy-Chambéry), où il met en scène La Remise de Roger Planchon (1993), La Compagnie des hommes (1992) et Pièces de guerre (1994) d’Edward Bond, Celle-là (1995) de Daniel Danis et La Mouette de Tchekhov (1995).
Pour le cinquantième Festival d’Avignon, Alain Françon présente dans la Cour d’Honneur Edouard II de Marlowe, qui a été repris au Théâtre national de l’Odéon.
Le 12 novembre 1996 il a été nommé Directeur du Théâtre national de la Colline.
Il y met en scène 3 pièces de Michel Vinaver, 4 pièces de Anton Tchekov, 6 pièces de Edward Bond, Henrik Ibsen, Georges Feydeau, Eugène Durif, Daniel Danis, Rainald Goetz, Gorki, Michel Deutsch.
En janvier 2010 il quitte le Théâtre national de la Colline et fonde une nouvelle compagnie le « Théâtre des nuages de neige » dans laquelle la compagnie en tant que producteur-délégué a déjà créé 9 spectacles.
Alain Françon anime de nombreux ateliers sur des périodes conséquentes dans des Écoles nationales entre autres. Il est très attaché à la transmission et s’attache à faire participer des élèves soit en tant que stagiaires, soit en tant que comédiens, dramaturges ou assistants dans ses créations.
Depuis quelques années un auteur, dramaturge, assistant participe aux créations de la compagnie et entre dans le protocole de contrat de génération.